زندگی
نام پدرش سید مصطفی موسوی و نام مادرش هاجر احمدی بود. وی در پنج ماهگی پدر خود را از دست داد و تحت سرپرستی مادر و عمهاش پرورش یافت.
گرچه سال تولد وی طبق شناسنامه سال ۱۲۷۹ است، اما خود روشن کردهاست، که تاریخ درست آن ۳۰ شهریور ماه ۱۲۸۱ است..[نیازمند منبع] درگذشت او رسما در روز ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ ثبت شد گرچه وی در شامگاه ۱۳ خرداد درگذشتهاست..[نیازمند منبع] سن او در آن هنگام ۸۷ سال بود. تشییع جنازه وی با شرکت گسترده مردم ایران و دیگر دوستدارانش از نقاط مختلف جهان برگزار شد. این موضوع بازتاب جهانی زیادی داشت.
فرزندان وی مصطفی، صدیقه، فریده، لطیفه، فهمیه، سعیده، و احمد هستند.اما مهمترین فرزند او از دید سیاسی احمد است.
تبارنامه
جد او یکی از علمای نیشابور ایران به نام «سیدمحمد» بود که به هندوستان رفت و در دهلی یا کشمیر اقامت گزید. عمادالدین باقی نوشتهاست:
چون در میان شیعیان، سنت شجره نویسی برای سادات مرسوم بوده و بدین وسیله سلسله نسب سادات تا رسیدن آنها به یکی از ائمه شیعه کم و بیش ثبت میشدهاست، سیادت خمینی از این نظر امتیازی محسوب میشد که راه گمانهزنی و شناخت در شجرهنامه و خاندان ایشان را هموار میکرد. یکی از روایات مذکور در این مورد چنین است که طبق نظر یکی از نسابیون در سال ۷۶۶ ه. ق کاروان کوچکی از طرف عارف بزرگ سیدعلی همدانی به سرپرستی سیدحیدر موسوی صفوی اردبیلی از ایران که آن زمان در شورش و جنگ و خون گرفتار بود عازم بود عازم کشمیر میشوند تا اسلام را تبلیغ کنند. سیدحیدر داماد و خواهرزاده علی همدانی بود که علی همدانی با ۱۷ واسطه از پدر و ۱۶ واسطه از مادر به امام حسین میرسد و این سید حیدر جد اعلای خمینی است... و اما روایتی که بیشتر از همه مشهور شده این است که سلسله نسب روحالله خمینی به میرحامدحسین میرسد. در زمان شاه سلطان حسین صفوی، یکی از علمای نیشابور به نام «سیدمحمد» به هندوستان رفت و در دهلی اقامت گزید. فرزندان وی در مناصب دولتی درآمدند و کم کم اهمیت پیدا کردند... سیداحمد چندی پس از شهادت پدرش دین علیشاه، از کشمیر به عتبات نجف و کربلا عزیمت کرد. شاید این سفر (در حدود سالهای ۱۲۴۰ تا ۲۵۰ هجری قمری) به این منظور بوده که هم از خصومتها در امان باشد و بتواند در آتیه جای خالی پدر را پر کند و هم تعالیم دین را بیاموزد. او به دلیل حافظه نیرومندی که داشته به سرعت به مقامات علمی والایی نائل میشود و از مراجع وقت نجف اجازه اجتهاد دریافت میکند. او در نجف با افراد مهاجر آشنا میشود که یکی از آنها فردی به نام یوسف خان است که اهل روستای «فرفهان» یا «فراهان» از توابع خمین بودهاست.
برادر تنی وی آیتالله پسندیده نیز در خاطراتش حضور نیاکانشان را در هند توصیف کردهاست.جان اسپوزیتو نیز این نظر را تأیید میکند و مینویسد که «پدر پدربزرگ او از خراسان به هندوستان سفر کرد. پس از آن پدربزرگش به ایران و شهر خمین بازگشت. این جهانگردیهای اجدادی باعث شد تا بهگونهای برچسب هندی بودن نیز بر خمینی بخورد.» برای نمونه «ادوارد ویلت» مینویسد که پدر بزرگ پدری وی سید احمد موسوی هندی زاده روستای کینتور در منطقه بربنکی در ایالت اوتار پرادش هندوستان بود.
دوران کودکی و نوجوانی
خمینی در روز ۳۰ شهریور ۱۲۸۱ خورشیدی (برابر ۱۸ جمادی الثانی ۱۳۲۰، برابر ۲۱ سپتامبر ۱۹۰۲) در شهرستان خمین از توابع اراک در ایران به دنیا آمد. وی کوچکترین فرزند خانوادهاش بود. او دو برادر و یک خواهر بزرگتر داشت، که عبارتاند از مرتضی، نورالدین و آغازاده خانم.
مرتضی که به سید مرتضی پسندیده معروف بود، تا پس از مرگ خمینی زنده بود. نورالدین نیز که روحانی بود و به سید نورالدین هندی شهرت داشت، پیش از انقلاب درگذشت و در قبرستانی قدیمی به نام گلزار شهدای قم (واقع در خیابان انقلاب یا چهار مردان شهر قم) به خاک سپرده شد که اکنون نیز سنگ قبر او با همین نام مشخص میباشد